مبتنی بر پیش‌فرض‌های نظری مورد قبول در زمینه‌های تحول نهادهای اجتماع، فرهنگ، تربیت و تجربه زیسته؛ می‌توان به صورت اولیه از ارکان محکم این ساختار سخن گفت و تکمیل فروع آن را در عمل پیگیری نمود. مهمترین ارکان محکم موسسه پژوهشی‌آموزشی قلم می‌تواند به شرح ذیل باشد :

ساختار مدیریت

1. راهبر : فرد کانونی و نقطه مرکزی موسسه می‌باشد که باید در عرصه تربیت و فرهنگ از اجتهاد و قوه تدبیر مناسبی برخوردار باشد.

2. شبکه مربیان میانی (هیئت‌های اندیشه‌ورز موضوعی) : مجموعه‌ای از نخبگان انقلابی استان می‌باشند که اولاً دانش تخصصی مطلوبی در زمینه‌های فعالیت‌های موسسه داشته باشند. ثانیاً آگاهی میدانی از مسئله‌های استان داشته و با فعالیت‌های اجرایی بیگانه نباشند. ثالثاً جمع تخصص‌های اعضاء باید ابعاد مختلف فرهنگ، اجتماع و تربیت را پوشش دهد. رابعاً مدیر این هیئت، راهبر این جریان می‌باشد و انتخاب نهایی اعضاء بر عهده ایشان است. وظیفه اصلی این شورا طراحی سیاست‌های کلان، تدوین طرح‌ها و هدایت عملی آنها می‌باشد. راهبر در این میان؛ نقشی فکری، تسهیل‌‌گر، هدایتگر و مدیریتی نسبت به رسالت‌های موسسه و فعالیت‌های شبکه مربیان میانی دارد. این شورا قلب تپنده ساختار است و هر آنچه علم‌پایه، پویا، مستمر و دلسوزانه حرکت کند، به همان مقدار در بدنه موسسه حرکت و حیات خواهد بود. این هیئت می‌تواند مسئله‌های مورد نیاز برای مطالعه و پژوهش را یا توسط اعضاء خود انجام دهد و یا آنکه به بخش رصد و پژوهش واگذار نماید و برای آنها در مقام مشاوره قرار بگیرد.

بر اساس اصل‌های علم‌پایه بودن، ابتنای بر تبیین و هدایتگری همدلانه؛ شیوه تحقق، نظارت و ارزیابی طرح‌ها متفاوت از روش‌های مرسوم خواهد بود. مبتنی بر اصول فوق‌الذکر برای باورمندی مخاطبین نسبت به اجرای طرح‌ها، اساس کار بر تبیین و ایجاد گفتمان برای آنها می‌باشد. همچنین در مقوله ارزیابی، بیش از آنکه مستندات مکتوب و تصویری مورد توجه باشد، نتایج عینی و اثر کارها مورد تأکید است و برای نظارت؛ به جای معنای بازرسی، هدایت و تعاون اصل می‌باشد. بنابراین هیئت اندیشه‌ورز اولیه باید در نسبت با ماهیت طرح‌هایی که در دستور کار دارد، قواعد طراحی، هدایت و ارزیابی کار را فراگرفته و رفت و آمدهای میدانی خود را آغاز کند.

3. واحد پشتیبانی : مجموعه‌ای از افراد کارشناس در موضوعات اداری‌مالی می‌باشند که کتابت ومدیریت تحقق مصوبات، هماهنگی‌ها بین افراد و سازمان‌ها، اطلاع‌رسانی‌ها، پذیرایی، امور مالی خُرد و ... را انجام می‌دهند.